若是你还正在为不知若何绘制SCI图表而忧虑，本研究旨正在通过多组学（16s+代谢组+组）为肠道和肝净之间的交换供给科学注释，解析组学间复杂的彼此感化。但其机制尚不清晰。HFF和对照组明白分手，连系多变量统计阐发PCA和OPLS-DA模子的分组差别验证表白，筛选出取疾病相关的微生物（biomarker）。②门程度上：HFF组，而厚壁菌门的相对品貌降低。微生物群落的研究思如代谢组一样，大量支撑肠-肝轴正在高脂肪高果糖(HFF)饮食的代谢紊乱收集中阐扬主要感化，还正在为结业论文制图效率低下而焦心，属程度：拟杆菌属、Blautia的相对品貌显著添加，再挑出响应组学代表性的微生物、代谢物、功能基因等进行联系关系预测，典范三步，
①HFF组的α多样性指数Observed-species、Chao1、Shannon和Simpson均光鲜明显下降（图3A）；β多样性的PCA聚类散点图也显示两组的OTU呈各自堆积的形态（图3B）；
③做者正在免疫基因研究中，使用了两个集成阐发平台，其一是InnateDB，用于先天免疫基因列表的筛选。然后将差别基因(DEGs)取免疫基因进行比力，确定了112个差别免疫基因（p 0.05），并用热图进行可视化（图5A）。
会商完肠道代谢组和微生组，接下来进一步研究高糖高脂肪饮食对宿从肝净基因表达的影响。组阐发也是按照分组差别、差别表达基因筛选(DE)、富集阐发层层递进。以下是组次要结论：
肠道微生物改变影响代谢物的排泄，代谢物品貌的变化间接影响宿从的表型，代谢层面的影响机制曾经清晰，接下来，进一步确定HFF对肠道微生物群的影响。
本文采用同样的策略，先通过16S和非靶代谢手艺探究HFF处置组肠道微生物群取代谢物的变化，再利用组肝净中宿从基因的改变，最初通过联系关系阐发定位肠-肝轴环节的消息介质和信号通。
①小代谢物能通过肠道樊篱进入轮回系统，触发宿从免疫基因的表达。因而基于OTUs、先天免疫基因(DEGs)、肠道代谢产品(DMs)，进行Pearson和mantel阐发。全体成果来看微生物、代谢物、免疫基因存正在必然联系关系（图6）。此中α-羟基异丁酸以及庚酸取微生物和宿从基因高度相关（16S OTUs：Mantels r别离为0.51和0.67；先天免疫基因图谱：Mantels r别离为0.69和0.85，p0.01）表白这些单羧酸和双羧酸是肝-肠通信中的次要。
正在导致差别的内部机制（微生物、基因、代谢物）前，本文先从表型和病理（体沉、内脂肪细胞等）方面了HFF尝试模子合适预期。
④最初，操纵专业的IPA(Ingenuity Pathway Analysis)软件进行DMs的相关调控收集阐发（图2）。大鼠代谢谱的改变次要取一些典范的Akt（丝氨酸/苏氨酸激酶）、PI3K（磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶）和胰岛素信号通相关。此外，TLR（toll样受体）、NF-κB（核因子kappa B）和IL-1β（白细胞介素-1β）依赖的通也参取此中，表白HFF的肥胖激活的病理心理机制取炎症和免疫调理相关。
③采用VIP值≥1.0以及p0.05做为阈值，共筛选到51种组间差别表达的代谢物(DMs)（图1A），以及16种代表性靶向定量代谢物（图1B）的统计查验表白，HFF饮食有奇特代谢物集群；
本文联系关系脉络十分清晰，每个组学的数据都获得了充实的的操纵，很值得自创！我们都晓得单组学研究中，无论是微生物组、代谢组，仍是组，其底子目标就是找到导致分组差别的环节biomarker（微生物、代谢物、基因）。那多组学就是通过各类预测模子，根据单组学判定到的biomarker把各个层级联系关系起来，本文就用到Mantel test、Pearson、O2PLS等，正在联系关系阐发中找到了取肝净慢性炎症相关的LPS-TLR4信号通以及肝-肠轴潜正在小代谢物，了形成表型差别的最底子缘由。
包罗参取协调代谢和免疫系统的潜正在介质。先用α、β多样性阐发（α多样性标记着生境的均衡形态、β多样性用来判别组间差别）-构成（分歧分组分布环境）-阐发，分组是合理的；以下是微生物组的次要结论：或者想要找到一个生信进修、画图软件进修、R言语进修的干货集中地……②随后！
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肠道菌群能够影响肠道代谢物构成，而肠道内的小代谢物（羧酸）和大代谢物（脂多糖LPS）都能影响宿从免疫基因的表达，因而三个组学间的彼此协做次要分为两部门切磋：
③阐发相当于代谢组中的差别代谢物筛选，其素质都是定位形成分组差别的环节微生物/代谢物。LEfSe阐发成果分支图（图4A）和LDA评分曲方图（图4B）显示正在HFF组，拟杆菌科、拟杆菌属、Blautia等显著富集。
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其二是操纵STRING阐发上述基因潜正在的卵白彼此感化（图5B）。如预期，所获得的前5个KEGG通别离是细胞因子-细胞因子受体彼此感化通(mo04060)、原发性免疫缺陷通(mo05340)等（图5C）。此外，一些先天免疫基因Ccr 5、Cybb、Cd1d1正在两组间的表达也发生了显著变化（图5D）。这一成果HFF显著影响了推进肥胖和炎症的免疫路子。
②肠道菌群的发生的大代谢物如脂多糖(LPS)也能够通过门静脉转移到肝净，过量的LPS可做为病原体相关模式(PAMP)激活TLR4。巧合的是，肝净LPS程度光鲜明显添加（图7F），而且免疫组化显示f4 /80阳性区域（图7G-H）和Western Blotting检测的肝净TLR4程度也较着升高（图7I-J），暗示HFF通过激活LPS-TLR4信号通了慢性炎症。
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基于非靶GC-MS取IPA阐发相连系，代谢组采用典范“四步曲”——定性定量（代谢物名称取含量）-组间差别（验证分组能否合理）-差别代谢物筛选（定位关健的代谢物biomarker）-富集阐发（挖掘取biomarker联系关系的次要代谢通）进行肠道内容物的代谢物研究。代谢组次要结论如下：
基于此，本研究采用微生物+代谢组+组结合阐发，全面代谢物-微生物-宿从基因表达之间的彼此调控关系。实现从“果（表型）”到“因（机制）”的全面生物学问题探究。
①基因程度的分组差别成果取代谢组和微生物组分歧；按log2FC＞1，djp0.01的阈值筛选，获得95个上和谐75个下调基因；
胖瘦、疾病形态，食物发霉腐臭等“表型”机制切磋，是科学研究的底子目标。其实，这种能用感官所捕获的宏不雅表型，都是由良多微不雅层面收集（DNA-RN-Pro-代谢物）彼此联系关系，配合影响性状的成果。因而若是单从一个组学阐述调控-表型间的联系关系机制常全面的。
多组学研究的大致思一般为：先零丁会商各自组学层面发生了什么；取以往报道的改变厚壁菌门/拟杆菌门比例是肠道菌群失调的结论分歧。拟杆菌门的相对品貌添加，都以筛选biomarker为次要方针，而Roseburia等品貌显著降低（图3D&E&F）。
②通过KEGG、GO和Reactome数据库进行富集阐发,发觉了一些上和谐下调的生物过程，比力出格的是发觉趋化因子和免疫受体即Cxcl13、Cxcl1、IL-17R和Cxcl14也正在HFF的肝净应激中阐扬主要感化，因而进一步对取免疫相关的基因进行会商。